El doctor Neo Cortex es un científico malvado, propietario de las tres islas más bellas de Australia y el enemigo principal del juego. Él ha mutado a todos los animales de las islas, convirtiéndolos en bestias antropomorfas, que espera utilizar para formar un ejército y dominar el mundo. El doctor Nitrus Brio es un científico loco, la mano derecha del doctor Cortex y el creador del Evolvo-Ray, sin embargo por su carencia de ambición, él deja al doctor Cortex tomar posesión de su creación. Cortex decide crear a un Bandicoot para liderar su ejército, pero algo sale mal y el pobre Crash es perseguido por toda la habitación. Crash acaba cayendo por la ventana del castillo por accidente y al día siguiente despierta en una playa; N.Gin, mano derecha de Neo Cortex, relata en algún momento de los posteriores juegos, que Neo le ordenó buscar al marsupuial y matarlo; N. Gin lo halló y trató de matarlo con un cohete, qúe Crash manipuló y adhirió a su cabeza. N. Gin debió ser operado con urgencia por Cortex, quien volvió de metal la mitad de su cabeza. Crash se había enamorado de una bandicoot hembra llamada Tawna, así que decide recorrer las islas para rescatarla y derrotar al doctor Cortex.

En el segundo juego de Playstation obtendremos una gama llena de personajes nuevos, a excepción de Ripper Roo, quien aparece después de terminar la primera sala de niveles, Nitrus Brio y Neo Cortex. Coco Bandicoot, Polar, Tiny Tiger, Los hermanos Komodo, N.Gin, y al final, Neo Cortex. Pero Naughty Dog no se detuvo ahí, precisamente siguió con tres juegos más, Crash Bandicoot Warped y Crash Team Racing. En Warped tendremos 7 personajes nuevos:Uka-Uka, N. Tropy, Pura,Bebé Dino, Dingodile, Falso Crash y Pingüino Penta. Crash Team Racing fue uno de los mayores éxitos de Crash, por su creatividad y diversión, y una de las razones es porque comprimieron a todos los personajes en este juego que consiste en carreras de karts y por primera vez se vio el personaje denominado Nitros Oxide el último jefe el cual es casi imposible de conseguir como un personaje jugable. Crash Bash también fue un juego revolucionario porque la aventura se puede hacer de 1 y 2 jugadores. Los personajes nuevos son Bearminator y Rilla Roo. Consiste en recorrer a través de 5 salas de guerra multitud de niveles con distintos desafíos como guerras de cajas, guerras de tanques, carreras... El enemigo final vuelve a ser Nitros Oxide.